本丸一文字門石垣是明治時代（1868-1912年）掩埋的，於平成8年（1996年）開始進行發掘調查。平成10年（1998年）開始石垣復原工程，照片是將曾經拆除的石材復原到原來位置的情形。

本丸一文字門大手橋是連接一文字門和二之丸的木橋，從城堀出土了橋墩。橋墩用三根柱子支撐橋桁，在古繪圖上有長度為「十二間」(約22公尺)的記載。

大手橋復原時，在原來的橋墩位置上建了柱子，上部為擬寶珠高欄。材料根據發掘出土的木材進行鑒定，使用了杉木、松樹、栗木。

在本丸西堀遺跡，發現了扔瓦場。由於黑瓦多，紅瓦少，推測是在江戶時代中期丟棄的。因為在明治時代被掩埋，所以發現時還沒有被破壞。這附近曾經有一座名為本丸月見櫓的兩層建築，瓦片就是來源於此。同時還出土了月見櫓的石垣的石材。

在本丸西堀中央發現的被稱為埋門土橋的遺址。殘存高約3公尺，最寬約12公尺。埋門是門的一種，但不是正規的通用門，而是具有緊急出口性質的門。這個土橋從二之丸側突出，可以認為是在本丸側沒有連接而架設木橋的構造。屬於17世紀前期山形城主鳥居忠政以後的時代。